Transept katedry jest dość płytki jednak odgrywa niezwykle istotną rolę symboliczną, bowiem na skrzyżowaniu naw znajduje się nagrobek patrona świątyni, Krakowa i Polski – biskupa Stanisława ze Szczepanowa. Uwagę zwraca niezwykłe rozwiązanie południowego ramienia transeptu z wyraźnym załamaniem i śladem wcześniejszego niż istniejące dziś, przeprutego niżej okna. Ślady te świadczą, że po wybudowaniu nowego, gotyckiego prezbiterium o znacznej wysokości, połączono je z istniejącym jeszcze romańskim korpusem nawowym z pomocą niskiego transeptu, który podniesiono już po rozpoczęciu budowy gotyckiego korpusu.
Zdajemy sobie wszyscy dobrze sprawę, że wejść do tej Katedry nie można bez wzruszenia. Więcej powiem: nie można do niej wejść bez drżenia wewnętrznego, bez lęku bo zawiera się w niej - jak w mało której Katedrze świata - ogromna wielkość, którą przemawia do nas cała nasza historia, cała nasza przeszłość.
Kardynał Karol Wojtyła